文件名称:
GMind:开采植物UGT的工具-源码
开发工具:
文件大小: 2mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-04-01
详细说明：GMind
一种用于植物基因组中UGTs挖掘的新型植物UGTs注释过程
概述
GMind是基于Augustus，GlimmerHMM的命令行程序（在Perl中），用于从植物基因组中充分挖掘UDP-糖基转移酶。 首先，将来自初始植物UGT数据库的已知植物UGT的蛋白质序列映射到未注释的植物基因组中，并将提取映射的区域用于下一个注释。 其次，对提取的UGT区域进行独立的重新注释：1）奥古斯都用195种植物基因组中所有带注释的UGT进行模型训练，2）奥古斯都用拟南芥模型种和3）GlimmerHMM和A模型种。拟南芥。 第三，使用来自Pfam的HMMER和UGT域（PF00201）从所有这些带注释的蛋白质中过滤UGT。 第四，通过计算准确度得分对过滤后的UGT进行评估，选择最佳UGT作为候选者，同时通过从映射区域中删除良好的UGT来重新标注疮痛的UGT。 最后，所有这些候选UGT将作为基因组注释
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
下载文件列表
相关说明
- 本站资源为会员上传分享交流与学习,如有侵犯您的权益,请联系我们删除.
- 本站是交换下载平台，提供交流渠道，下载内容来自于网络，除下载问题外，其它问题请自行百度。
- 本站已设置防盗链，请勿用迅雷、QQ旋风等多线程下载软件下载资源，下载后用WinRAR最新版进行解压.
- 如果您发现内容无法下载，请稍后再次尝试；或者到消费记录里找到下载记录反馈给我们.
- 下载后发现下载的内容跟说明不相乎，请到消费记录里找到下载记录反馈给我们，经确认后退回积分.
- 如下载前有疑问，可以通过点击"提供者"的名字，查看对方的联系方式，联系对方咨询.
相关搜索:
