针对MEMS惯性器件输出精度低导致惯导系统初始对准误差大问题，提出了一种先利用多遗忘因子自适应卡尔曼(MFFAKF)对原始数据降噪处理后再采用磁强计辅助的MEMS间接粗对准的方法。该方法采用多重遗忘因子调节不同的滤波通道对加速度计与磁强计传来的原始数据进行预处理后再进行姿态角解算，提高初始对准精度，缩短对准时间。实验结果表明，采用MFFAKF得到的粗对准航向角精度满足MEMS惯导系统粗对准要求。