在分析R&D投资结构对科技创新作用的基础上,运用DEA方法对2003—2008年间科研机构、高等院校和企业三大研发主体的R&D投资结构效率进行了比较分析。结果表明,高等院校的R&D效率最高,企业的R&D效率在2008年达到了有效水平,科研机构的R&D效率始终处于无效状态。这说明投入不足并不是造成R&D效率低下的关键因素。最后对不同研发主体R&D活动的配置提出了优化方案。