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计算化学及应用-势能面
介绍势能面的相关信息。 化学的许多问题都可以变成与势能面(PES)有关的问题 势能面是把分子的能量表示为其几何结构的函数.
所属分类:
专业指导
发布日期:2010-04-12
文件大小:1048576
提供者:
millers3
面向大分子的三维数据场特征分析与可视化
摘要: 介绍了在面向生物大分子结构和功能分析的三维数据场建模、特征分析与可视化方面的初步尝试.从蛋白质分子结构出发,采用量子化学理论计算得到一个规则采样的三维数据场,场的每个格点上记录蛋白酶分子内部各种力的综合作用.在每个格点上实施离散一阶、二阶局部微分计算,从而筛选出一系列数据场内的临界点,这些临界点潜在地揭示了蛋白质分子的功能区域所在.继而,计算数据场内各种型值的分子势能面,交互地探寻具有一定生物活性的“通道”区域.此外,探索运用多种点、面和体可视化技术,来寻找分子内部的宏观结构.通过上述
所属分类:
专业指导
发布日期:2010-11-23
文件大小:286720
提供者:
gaoyang9870
NAMD入门教程
1. 分子动力学模拟概论 1.1 分子动力学模拟的发展 1.2 分子动力学模拟的基本原理 1.3 分子动力学模拟相关软件 2. 分子动力学入门 2.1 基本设置 2.2 生成蛋白质结构文件(PSF) 2.3 蛋白质的溶质化 2.4 球状水体中泛素(Ubiquitin)的分子动力学模拟 2.5 立方水体中泛素(Ubiquitin)的分子动力学模拟 2.6 简单的结果分析 3. 分析方法 3.1 平衡态分子动力学模拟分析 3.1.1 每个残基的RMSD值 3.1.2 麦克斯韦-波尔兹曼(Maxwe
所属分类:
专业指导
发布日期:2013-05-14
文件大小:1048576
提供者:
u010696678
激发态的计算Gaussian03
北京宏剑公司出品,基于高斯03,包括分子轨道的介绍,电子组态的概念,单激发态,活化空间,基态和激发态的势能面,势能面的简并,高斯03的激发态计算方法,性质,输入和输出,例子,激发态结构优化,三重态的计算,轨道调节,计算发射光谱.
所属分类:
专业指导
发布日期:2013-11-07
文件大小:5242880
提供者:
u011487265
物理学课件-真空中的静电场
物理学,真空中的静电场教学课件 电荷与电场、库仑定律 电场强度 电通量、高斯定理 静电场的环路定理、电势能与电势 等势面、电势与场强的微分关系
所属分类:
专业指导
发布日期:2008-10-04
文件大小:2097152
提供者:
ayan588
Fenton试剂氧化降解瓦斯的量子化学预测分析
为了提高Fenton试剂氧化降解瓦斯效应,运用量子化学理论计算Fenton试剂氧化降解瓦斯体系中反应物、反应中间体、产物的几何构型及反应势能面,预测了掺杂离子对Fenton试剂稳定性的影响;运用可见分光光度计和Fenton试剂氧化降解甲烷实验系统对预测结果进行实验验证。结果表明:掺杂c(Mg2+)为0.5 mmol/L时,瓦斯降解率最高可达40%。分析表明,掺杂离子能增强Fenton试剂的稳定性,进而提高Fenton试剂氧化降解瓦斯效应,量子化学理论能指导Fenton试剂的改性研究,为Fento
所属分类:
其它
发布日期:2020-04-28
文件大小:481280
提供者:
weixin_38734037
重离子聚变裂变反应的统计和动力学建模
使用改进的统计模型和基于Langevin方程的四维动力学模型来模拟在19F + 188Os和19F + 197Au聚变反应中产生的受激化合物核207At和216Ra的裂变过程。 计算了激发化合物核207At和216Ra的蒸发残余物横截面,裂变横截面,分裂前中子,质子和α的多重性以及裂变碎片各向异性的角度分布。 在改进的统计模型中,在计算裂变宽度和势能面时已考虑了自旋K围绕对称轴和温度的影响。 结果表明,采用适当的有效电位温度系数λ= 0.0180±0.0055、0.0080±0.0030 MeV
所属分类:
其它
发布日期:2020-04-10
文件大小:909312
提供者:
weixin_38673237
单个砷原子在砷化镓富砷表面的迁移行为
单个砷原子在砷化镓富砷表面的迁移行为,李坤,杨雯,采用分子动力学方法计算了单个砷原子在砷化镓(001)β2(2×4)富砷表面迁移的势能面,研究了砷原子在该表面上的迁移行为。结果表面,在�
所属分类:
其它
发布日期:2020-03-12
文件大小:334848
提供者:
weixin_38677505
结合显式相关的重整化耦合簇方法计算直线型H3势能面
结合显式相关的重整化耦合簇方法计算直线型H3势能面,陈炽宏,李伟,本文基于适用于键解离计算的重整化耦合簇[CR-CC(2,3)]方法和提高基组收敛速度的显式相关F12方法,通过组合得到近似的显示相关的重整化
所属分类:
其它
发布日期:2020-02-21
文件大小:687104
提供者:
weixin_38651661
基于最小势能法黄土区煤矿基坑的滑移面稳定性应用研究
基于最小势能法黄土区煤矿基坑的滑移面稳定性应用研究,施立虎,,煤矿储煤仓基坑工程的建设安全关系到煤矿前期生产,其中基坑边坡稳定性的分析是其关键。目前流行的计算方法需要对滑移面做假设,
所属分类:
其它
发布日期:2020-01-11
文件大小:239616
提供者:
weixin_38663029
TiM (M=Ni, Pd, Pt)合金势能面的理论研究
TiM (M=Ni, Pd, Pt)合金势能面的理论研究,姜振益,李盛涛,在广义梯度近似下采用密度泛函理论平面波超软赝势对钛基形状记忆合金TiM (M=Ni, Pd, Pt) 的B2与B19 (B19′)相超晶胞势能面进行了系统的理论
所属分类:
其它
发布日期:2019-12-29
文件大小:275456
提供者:
weixin_38518638
State-to-state quantum dynamics of the N(4S)+H2(X1∑+)→NH(X3∑-)+H reaction and its reaction mechanism analysis
N(4S)+H2(X1∑+)→NH(X3∑-)+H的态态反应量子动力学及其反应机理分析研究,张静,高守宝,基于翟洪生等人在2011年构造的全维精确势能面,利用含时波包方法对N(4S)+H2(X1∑+)→NH(X3∑-)+H 反应体系进行了态态动力学计算。计算和讨
所属分类:
其它
发布日期:2019-12-28
文件大小:635904
提供者:
weixin_38550605
综放面端头设备交叉侧卸布置及放煤工艺研究
基于综放工作面端头设备布置方式的改变以及由此带来的端头放煤空间的变化,采用理论分析与现场工业性试验相结合,分析了综放工作面端头设备交叉侧卸布置的特点、技术优势以及端头区放煤的工艺方式。研究表明:端头设备交叉侧卸布置后,为端头(过渡)支架上方顶煤的放出提供了空间条件;受到回采巷道支护,邻近支架放煤程度及煤层倾角的影响,端头顶煤的放煤区域可分为截面呈长方形或梯形的立方体;端头区顶煤散体介质的形变势能随端头区基本顶回转角以及基本顶断裂线距端头区顶煤的距离的增大而增大,随顶板压力及自身体积的增大而增大,
所属分类:
其它
发布日期:2020-05-23
文件大小:811008
提供者:
weixin_38547887
外库仑场中慢电子对的形成
在三维半空间中,外部库仑场中的两个电子的波动方程(类氦原子)已经证明是一个问题。 波动方程在惯性坐标中变为准可分离的。 这允许在主惯性轴框架内计算出电子运动。 我们发现非绝热耦合项构成了虚拟力,并导致静态势能面变形。 详细研究了电子对的输入和输出模式,并将其应用于电子对氢原子的阈值电离。 我们的分析证实了万尼尔的经典作品。 但是,我们超越了Wannier,提出了电子对的弯曲和拉伸振动。 弯曲振动对总电离截面没有影响。 低于阈值的配对形成破坏了高双里德堡共振的存在。 最后,我们描述了电子对通过Ry
所属分类:
其它
发布日期:2020-06-04
文件大小:444416
提供者:
weixin_38675232
O2氧化含氮焦炭释放CO和NO的量子化学研究
选用简化的含氮焦炭模型,在分子水平上对O2氧化含氮焦炭释放出CO和NO的异相反应机理进行研究。采用B3LYP/6-31G(d)密度泛函理论方法优化了反应路径上的反应物、产物、中间体和过渡态的几何构型,得到各结构的相对能量,进而得到整个反应的势能面。研究表明,O2氧化含氮焦炭的第1步为在焦炭表面的吸附,吸附反应释放出414.5 kJ/mol的热量。CO和NO从O2吸附产物中释放所需克服的最大能垒分别为397.4 kJ/mol和197.0 kJ/mol。CO从O2吸附产物释放后生成的产物可经吸热反应
所属分类:
其它
发布日期:2020-07-19
文件大小:311296
提供者:
weixin_38572979
储氢碳纳米管与氢原子相互作用的量子力学研究
(北京师范大学化学系, 北京 100875)摘要:应用ONIOM方法对单壁碳纳米管储氢进行了研究,由高到低分别应用密度泛函(DFT)B3LYP 方法、HF方法与AM1方法对其进行了组合计算,优化结果与完全用从头算方法(HF/3-21g*)得到的结果存在着较大出入,分析认为后者的结果较为可靠。使用HF/3-21g*方法对(5,5)5晶胞,(6,6)5晶胞单壁碳纳米管在不同的氢覆盖率下进行结构优化,找出了其相关递变规律性。完全应用B3LYP/3-21g*对一系列的体系进行了单点能的计算,通过势能面扫
所属分类:
其它
发布日期:2020-12-10
文件大小:105472
提供者:
weixin_38680393
Python应用实现处理excel数据过程解析
实现功能 excel表格中有4列数,分别为RMF计算得到的 β,γ,势能面及组态,需要挑选出相同 β 值下势能面最低时的组态。为了减小数据量,先将 β 值保留两位小数。 代码 import xlrd import xlwt # read xls file readfile = xlrd.open_workbook('./beta-gamma-constrain.xlsx') readsheet = readfile.sheet_by_name('Sheet1') beta = readshe
所属分类:
其它
发布日期:2020-12-17
文件大小:39936
提供者:
weixin_38693586
GPR_PES:高斯过程回归势能面-源码
高斯过程回归用于势能面建模 文本
所属分类:
其它
发布日期:2021-03-17
文件大小:257949696
提供者:
weixin_42160376
Potential-ML:使用DNN从头算分子动力学轨迹中学习势能面-源码
潜在ML 从头算原子动力学监督学习与温度相关的势能面 1,训练数据是从VO2 Ab从头开始的分子动力学轨迹收集的。 使用Keras设计DNN,以学习与温度相关的势能面。 2.DNN算法可用于理解不同晶体结构,平衡态和非平衡态的势能面。 3,以VO2为例进行培训
所属分类:
其它
发布日期:2021-02-14
文件大小:16384
提供者:
weixin_42099176
氟利昂F-113光解离和光谱研究
已有实验得到了氟利昂F-113(C2F3Cl3)在800 nm飞秒激光脉冲作用下的飞行时间质谱图。计算了质谱图中各峰所占比例,分析了检测到的离子碎片,发现了C2F3Cl+3解离的三个主要通道。计算了各通道发生解离的能量差值和质谱图中主要离子中氯同位素的丰度比,所测丰度比接近大自然中氯同位素的丰度比3.13。利用程序 Gaussian 09在B3LYP/6-311G++(d,p)基组水平上优化得到了C2F3Cl3光解离过程中主要离子的稳定构型,计算其频率及能量,获得了红外光谱和各构型的单点能。对B
所属分类:
其它
发布日期:2021-02-07
文件大小:3145728
提供者:
weixin_38587155
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