为了解决常规选择性激活方法无法与激光扫描共焦显微镜共用扫描光路，难以与成像光路同轴的问题，提出一种同轴扫描式实时光刺激系统，使用现场可编程门阵列控制声光调制器，以调制激光扫描共焦显微镜的成像光源，经成像光路扫描后，刺激输出和成像扫描实现同步；该系统采用Xilinx KC705开发板中现场可编程门阵列集成的外设部件互连标准硬核，采用外设部件互连标准接口将上位机的刺激图像传输到现场可编程门阵列。测试结果表明，所提系统可以满足传输要求，能有效调节光刺激区域。