为提高偏振荧光图像序列的获取速度，提出利用电光调制器对激发光的偏振方向进行控制并配合相机记录偏振荧光图像的高速偏振荧光显微系统。对激发光路的偏振畸变进行测量和有效补偿，以确保样本平面激发光偏振方向的精确控制。利用巨型单层囊泡样本对实验系统进行测试，结果表明该系统能够以近视频帧率对分子方向信息进行成像，具备监测动态样本分子方向信息的能力。