对应用于激光打标中脉冲光纤激光器的控制系统进行了研究，根据其组成原理与工作原理，设计了以FPGA芯片为核心的控制系统。实现了在打标过程中对脉冲光纤激光器出光的时序控制、输出功率控制及声光调制器(AOM)驱动控制等功能。实验结果表明，该系统具有结构精简、集成度高、处理速度快，实现了对激光打标机的实时准确的控制。