注册会员 | 设为首页 | 加入收藏夹
您好，欢迎光临本网站！[请登录] ！[注册会员]！  

搜索资源列表

  1. Introsort-Analysis-源码

  2. 基因组分析 目标： 该项目的目标是创建Introsort的实现，该实现在运行时可与C ++ STL std :: sort（）媲美。重要的是要注意，尽管std :: sort（）可能已经过大量优化，但它也与Introsort一起实现。 什么是Introsort？ Introsort由David R. Musser发明，是一种混合排序算法，它运行Quicksort直到递归quicksort调用的数量达到2log 2 n。此时，Introsort切换到堆排序。当Introsort处理大小小于特定阈

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-21
    • 文件大小：166kb
    • 提供者：weixin_42153793

  1. MLtiplet:使用多基因组分析进行scRNA-seq doubletpleplet检测-源码

  2. MLtiplet 使用多基因组分析进行scRNA-seq双峰/多峰检测

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-20
    • 文件大小：12kb
    • 提供者：weixin_42115003

  1. TheHumanPangenome:建立和使用人类参考全基因组的策略-源码

  2. TheHumanPangenome-人类全基因组分析的工具集 图中GRCh38的路径！ 有关详细信息，请检查DS文件夹！ 带有命中链接的更快，更好的短读映射器。 现在玉米更多了！ 有关详细信息，请参见Giraffe文件夹！ 大多数基因组注释都可以很容易地从gff3导入（到ggff！）！ 有关详细信息，请参见注释文件夹！ 可以以轻量级的方式计算等位基因特异的表达！ 抓住RNA文件夹中的工作流程！ 计算结构变体的内部，外部和断点处的变异！ 有关详细信息，请参见SV文件夹！ 我们将HG002的MHC区

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-16
    • 文件大小：82mb
    • 提供者：weixin_42160278

  1. public_health_viral_genomics-源码

  2. 用于基因组分析的WDL脚本 基于与Andrew Lang，Ph.D.的合作。 原始回购： :

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-15
    • 文件大小：69kb
    • 提供者：weixin_42139357

  1. PopulationGenomicsCourse:BiRC的人口基因组学课程-源码

  2. 2020年人口基因组学 描述 课程结束后，学员将对进行典型人群基因组研究所需的方法和应用有详细的了解。 参加者必须在课程结束时能够： 确定与种群基因组分析相关的实验平台。 应用常用的种群基因组方法。 解释常见种群基因组方法背后的理论。 反思种群基因组方法的优势和局限性。 解释和分析总体基因组推论的结果。 根据数据制定人口遗传学假设 该课程介绍了人口基因组学中的关键概念，从生成种群遗传数据集到最常见的种群遗传分析和关联研究。 本课程的第一部分着重于群体遗传数据集的生成。 第二部分介绍

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-10
    • 文件大小：19mb
    • 提供者：weixin_42105816

  1. Assembly-Dereplicator:用于从一组程序集中删除冗余基因组的工具-源码

  2. 程序集去复制器 Ryan R.Wick 1和Kathryn E.Holt 1,2 1.莫纳什大学中央临床学院传染病系，澳大利亚维多利亚州墨尔本3004 2.英国伦敦卫生与热带医学学院，伦敦WC1E 7HT，英国 目录 介绍 此存储库包含一个独立的Python脚本（ ），用于解决我偶尔遇到的一个问题：重复复制一组细菌基因组程序集。 去复制意味着删除具有足够近亲（由距离阈值定义）的组件，从而在组件更独特的情况下得到较小的集合。 例如，假设您有一个特定分类单元的10000个基因组装配体，并且想要对

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-10
    • 文件大小：241kb
    • 提供者：weixin_42109125

  1. glow:一个用于大规模基因组分析的开源工具包-源码

  2. 一个用于大规模基因组分析的开源工具包 ·· Glow是一个开放源代码工具包，用于在生物银行规模甚至更大范围内实现生物信息学。 易于上手 该工具包包括您立即执行最常见分析所需的构建基块： 将VCF，BGEN和Plink文件加载到分布式DataFrame中 使用内置功能执行质量控制和数据处理 变体归一化和liftOver 进行全基因组关联研究 与Spark ML库集成以进行人口分层 并行化命令行工具以扩展现有工作流程 按比例建造 Glow使基因组数据与Spark协同工作，Spark是处理大型结

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-09
    • 文件大小：47mb
    • 提供者：weixin_42118011

  1. Genome_annotation-源码

  2. 铑基因组计划的脚本 定制脚本的集合，用于执行基因组/系统基因组分析

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-08
    • 文件大小：19kb
    • 提供者：weixin_42144554

  1. bacannot:用于原核基因组注释的通用管道-源码

  2. 细菌注释（bacannot）管道 Bacannot是易于使用的基于docker的nextflow管道，该管道采用最新软件进行原核基因组注释。 它是围绕几种工具的包装，使您可以更好地了解原核基因组。 它用： 用于通用注释 rRNA预测的 用于在多基因座序列类型（ST）中进行分类的 for KO批注 用于绘制KO注释 用于甲基化注释 用于基因组浏览器生产 的注释合并 用于绘制基因组岛 用于抗菌基因注释的 ， ， 和 数据库， 和用于序列和基因预测 用于基因组岛预测 用于计算机质粒检测的和

  3. 所属分类：其它

  1. i2a2-genomic-analysis-challenge-源码

  2. i2a2基因组分析挑战

  3. 所属分类：其它

  1. ChromSCape:ChromSCape（单细胞染色质景观分析）-源码

  2. ChromSCape：使用Shiny App分析单细胞表观基因组数据集 什么是ChromSCape？ ChromSCape-用于单细胞的染色质蛋白谱分析-是易于使用的，易于使用的Shiny应用程序，用于分析从对齐数据到差异数据的单细胞表观基因组数据集（scChIP-seq，scATAC-seq，scCUT＆Tag等）。分析和基因组富集分析。 它具有高度的交互性，使用户可以保存他们的分析，并涵盖了广泛的分析步骤：质控，预处理，过滤，批处理校正，降维，虚拟化，聚类，差异分析和基因组分析。 启动Ch

  3. 所属分类：其它

  1. gwasglue：将GWAS数据链接到R中的分析工具-源码

  2. 瓜斯胶 正在开发中 此R程序包充当可以读取或查询GWAS摘要数据的程序包与可以分析GWAS摘要数据的程序包之间的管道。 它位于GWAS数据和分析的一般生态系统中： 上图描述了我们计划连接的一组软件包。 以下是已完成和尚待执行的操作的列表： 数据源 精细映射 - -待办事项 共定位 -TODO -TODO 待办事项 孟德尔随机 -TwoSampleMR的端口 来自TwoSampleMR的端口 - 端口 待办事项 待办事项 可视化 轨迹缩放图，例如[ 安装 您可以使用以下命令安

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-24
    • 文件大小：754kb
    • 提供者：weixin_42118423

  1. anole-popgen：为奥本大学脚本课程编写的人口和景观基因组分析脚本-源码

  2. ole 为奥本大学脚本课程编写的人口和景观基因组分析脚本 我们将编写一条管道，以执行从缩减表示的基因组测序方法获得的种群和景观基因组分析SNP数据。 我们将在ddRADseq数据集上测试管道，该数据集是从代表西班牙裔树皮Anole（ Anolis distichus ）物种复合体的近300个人获得的。 我们编写的脚本将用于估计种群结构，量化景观中的基因流以及测试基因组变异与生态变量之间的关联。 我们的管道中包括的方法包括EEMS（估算的有效迁移面）以分析/可视化空间人口结构，Contruct

  3. 所属分类：其它

  1. 基因组汇编：Zizania palustris基因组的注释-源码

  2. 全基因组装配和北美洲野生稻（ Zizania palustris L.）的注释，一种北美谷物，支持物种内的全基因组复制事件。 该库支持表征北方野生稻（ Zizania palustris L.）基因组的工作。 将稿件发布到bioRxiv后，即可在此处找到该链接。 发布后，该链接也将被共享。 基因组组装本身没有脚本，因为这项工作是由。 基因组已工程号PRJNA600525保藏在美国 。 请使用目录浏览此自述文件，以轻松查找用于特定分析或图形的脚本。 此自述文件最好在灯光模式下查看。 目录

  3. 所属分类：其它

  1. TCGA-肺癌数据分析：来自TCGA数据集的肺癌数据分析项目-源码

  2. TCGA肺癌数据分析 该数据分析项目已在密歇根大学的2020年秋季我的Stats 600回归分析课程中完成。 分析的数据包含肺癌患者的样本以及不同的临床因素及其基因组信息。 在此分析中，我想回答以下问题：哪些mRNA基因表达与肺癌患者的生存时间最相关？ 与其他种族，性别和年龄等临床因素相比，吸烟与肺癌患者的生存时间是否更紧密相关？ 放射疗法是延长患者生存时间的有效手段吗？

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-15
    • 文件大小：224kb
    • 提供者：weixin_42099070

  1. longev-mgen：“长寿的元基因组学”项目-源码

  2. 从元基因组组装的鼠尾草科基因组表明小鼠对阿卡波糖治疗产生差异React的遗传驱动力 用于复制分析和手稿的脚本和元数据。

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-13
    • 文件大小：639kb
    • 提供者：weixin_42128015

  1. mgkit：MGKit：元基因组学框架-源码

  2. MGKit：元基因组学框架 该库的目的是提供一系列有用的模块和软件包，以使构建宏宏基因组学或任何种类的生物信息学分析的自定义管道变得更加容易。 它在生物信息学中集成了其他知名的python库，例如 ， ， 和 。 可从获得文档。可以从获得文档中使用的数据和脚本。 讨论邮件列表可从。 使用MGKit的论文 Rubino，F.，Carberry，C.，M Waters，S.，Kenny，D.，McCabe，MS，＆Creevey，CJ（2017年）。 不同的功能同工型驱动小生境专业化，以获取

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-08
    • 文件大小：11mb
    • 提供者：weixin_42125770

  1. hic-data-analysis-bootcamp：使用Hi-C数据测量，分析和可视化3D基因组的研讨会-源码

  2. hic-data-analysis-bootcamp：使用Hi-C数据测量，分析和可视化3D基因组的研讨会

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-05
    • 文件大小：210mb
    • 提供者：weixin_42110469

  1. 基因组工具：GenomeTools基因组分析系统-源码

  2. Genome工具 GenomeTools基因组分析系统是一个免费的生物信息学工具集合（在基因组信息学领域），组合成一个名为gt二进制文件。 它基于一个名为libgenometools的C库，该库包含用于高效，便捷地实现序列和注释处理软件的各种类。 如果您对基因预测感兴趣，请查看 。 GenomeTools设计为可在每个POSIX兼容的UNIX系统上运行，例如Linux，Mac OS X和OpenBSD。 Debian（正在测试）和Ubuntu（正在运行rar和更高版本）的用户只需使用apt就

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-01-30
    • 文件大小：15mb
    • 提供者：weixin_42112658

  1. 难题：BEDOPS：高性能基因组特征操作-源码

  2. BEDOPS v2.4.39：高性能基因组特征操作 关于 BEDOPS v2.4.39是一套用于解决基因组研究中提出的常见问题的工具，主要涉及数据集之间的重叠和邻近关系。 它旨在具有可扩展性和灵活性，以促进高效，准确地分析和管理大规模基因组数据。 BEDOPS v2.4.39文档的部分概述了工具包，功能和性能增强。 表提供了所有应用程序和脚本的文档。 资料下载 Linux Mac OS X 源代码 二进制文件 Linux主机的 安装程序包 Mac OS X主机的 （tar.gz） （zi

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-01-30
    • 文件大小：21mb
    • 提供者：weixin_42144199
« 12 3 4 5 6 7 8 9 10 »