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为了改进模型，提出了用生化实验实现最佳收获集的计算方法，并根据该方法提出了最小的生成树DNA算法。首次将分离实验扩展为基于分离板的分离实验和采用电泳技术的分离实验，所提出的最小生成树DNA算法突破了DNA计算的计算模式-用替代割集的最小边的方法逐步产生最小生成树。生成树DNA算法的时间复杂度是线性的，从而降低了算法的时间复杂度。