使用SNP和重采样数据集的种子/种质库中的等位基因频率和遗传多样性 使用等位基因频率和野生物种/种群的遗传多样性估算种质/种子库（BAG）中样本量的影响的脚本 番薯分三步走： 使用VCF计算野生物种/种群中的等位基因频率 使用野生物种/种群作为模型，使用VCF计算重采样数据集中的等位基因频率。 使用野生物种/种群作为使用GENIND的模型，计算重采样数据集中的遗传多样性。 Pilocarupus分五个步骤： 使用GENIND对象（空等位基因和等位基因> 50个副本）在自然种群和具有

核苷酸多样性计算 概述 该程序估计基因组序列的核苷酸多样性。 用法 步骤1-BAM文件转换 使用转换BAM文件。 samtools view -h -G69 to.convert.bam | samtools view -h -G133 > file.bam 对于每个样本，从BAM文件中生成一个strandcount.csv。 java -cp /your-path-to/HAROLD/lib/htsjdk-unspecified-SNAPSHOT.jar: /Your-path-t

translocation_load 此回购包含SLiM3 v3.4（Haller和Messer，2019）代码，以复制我们对在不同采样方案下易位个体的遗传负荷和遗传多样性结果的模拟，以研究Scott等人的建议的效果。 （2020年）仅转移遗传最多样化的个体。 随机：从后代人群中随机选择个体 多样性：在核苷酸多样性最高的20％中选择个体 负荷：选择遗传负荷最低的20％的个体（遗传负荷=纯合条件下选择系数的总和加上杂合条件下选择系数的总和乘以优势系数） 我们模拟了一个1Mb染色体，其突变率=

捕捉· 靶标的紧凑聚集，以实现全面杂交 CATCH是一个Python软件包，用于设计探针集以用于捕获各种序列的核酸。 全面覆盖：CATCH接受任何未比对序列的集合，通常是一种或多种微生物物种所有已知遗传多样性的全基因组。 它设计了寡核苷酸序列，可确保覆盖这种多样性，从而可以针对可定制的目标快速设计详尽的探针组。 紧凑的设计：CATCH可以在指定的寡核苷酸数量（例如阵列大小）约束条件下进行设计。 它搜索可能集合许多物种的探针集空间，以找到最佳设计。 这使得它的设计可以随着已知的遗传多样性很好地