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搜索资源列表

  1. Jstacs-源码

  2. 描述 序列分析是生物信息学的主要主题之一。 现有的几个库将生物学序列的表示与精确和近似模式匹配以及比对算法结合在一起。 我们介绍Jstacs，这是一个开放源代码Java库，它专注于生物学序列的统计分析。 Jstacs包含序列数据的有效表示形式，并提供了许多统计模型的实现方式，以及用于参数学习的生成性和判别性方法。 使用Jstacs，可以在测试数据集上或通过评估多种性能指标的交叉验证实验来评估和比较分类器。 由于其严格的面向对象设计，Jstacs易于使用且易于扩展。 有关更多信息，包括API文档

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-22
    • 文件大小：24mb
    • 提供者：weixin_42138788

  1. biograder-源码

  2. 什么是生物分级机？ biograder软件包是一个Python软件包，可在学生完成Google Colab中的生物信息学作业时为他们提供提示和自动反馈。 通过这些作业，学生可以掌握实际数据的编码经验。 作业问题中使用的数据来自cptac程序包。 （有关cptac软件包的更多信息，请访问 ）。 如何使用Biograder套件 该biograder软件包旨在通过Google Colab界面进行访问和使用。 Google Colab已针对以下课程设计了作业分配： 开发人员文件 想要了解该软件包内部工

  3. 所属分类：其它

  1. resolwe-bio-py:Resolwe生物信息学Python API-源码

  2. 适用于Python的Resolwe SDK 适用于Python的Resolwe SDK支持与服务器及其扩展交互。您可以使用它来上载和检查生物医学数据集，添加注释，运行分析以及编写管道。 文件与说明 阅读的详细说明。 安装 从PyPI安装： pip install resdk 如果您使用macOS，请注意的版本 ，这是连接到任何genialis.com服务器（可能还有其他服务器）所必需的。要解决此问题，请或安装最新版本的Python 3.6+。 如果您想为SDK代码库做出贡献，请遵循的。 快速开

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-18
    • 文件大小：242kb
    • 提供者：weixin_42101720

  1. lcerdeira:我漂亮的个人资料仍然像我一生中的所有事物一样在更新；-)享受它-源码

  2. 欢迎浏览我的个人页面 ！ 我叫路易丝·塞德拉（Louise Cerdeira），我是瑞士军刀（请不要欺负我） :T-Rex: 。 我是计算机科学家，生物信息学家，系统架构师和DevOps工程师。 我来自巴西，由于大流行情况而住在偏僻的办公室，请留在您的本地主机上并使用掩码（255.255.255.24）。 您可以在以下突出显示的多个平台上找到我 。 查看我的网站 问题恋人 上瘾的创新 SoundClound或Spotify中的博客，社交媒体和我的播客 我的播客-名为Wilson的爆米花

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-16
    • 文件大小：582kb
    • 提供者：weixin_42157567

  1. AdvancedUnixTutorial:32021上的讲习班教程-源码

  2. 高级Unix教程 罗伯·施密特（Rob Schmidt） 21/3/20上的讲习班教程 这是Unix上的生物信息学和计算生物学研讨会系列教程系列的第二部分。 在本教程中，我们将介绍一些更高级的Unix主题，并通过快速的RNA Seq对齐和使用真实（但减少了）数据进行计数来进行操作。 让我们开始吧：为什么我们还要学习Unix？ Linux / Unix已成为全球高性能计算集群（HPC）的标准操作系统。 如果您想使用HPC的强大功能，则需要学习Unix的基础知识。 加上几乎所有最流行的生物信息学

  3. 所属分类：其它

  1. dragonstar2019-源码

  2. 龙之星2019 该GitHub存储库包含演讲幻灯片以及2019年Dragon Star生物信息学课程的计算练习。 这是一个为期五天的课程，主题为“人类疾病的基因组学”。 课程内容如下： 第一天 疾病研究中的基因组技术：， NGS数据格式和变式调用：， 第二天 短/长读序列数据的比对：， 通过短读/长读测序进行基因组组装：， 第三天 人类疾病中结构变异的检测：， 基因变异的注释和表型驱动的解释：， 第四天 SNP和基于序列的全基因组关联研究（GWAS）：， 稀有变种和从头变种关联研究：， 生

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-15
    • 文件大小：41mb
    • 提供者：weixin_42126865

  1. auspice:用于可视化病原体进化的Web应用程序-源码

  2. 关于Nextstrain Nextstrain是一个开源项目，旨在利用病原体基因组数据的科学和公共卫生潜力。 我们通过强大的分析和可视化显示病原体的进化和流行病的传播，为公众提供的数据提供不断更新的视图。 我们的目标是帮助流行病学理解并改善疾病暴发React。 结果数据和推断可在网站上。 关于吉祥 定义：预兆，即预言符号的观察。 Auspice是一个开放源代码的交互式Web应用程序，用于可视化系统发育数据。 它可以与nextstrain的生物信息学工具包结合使用，也可以单独使用。 临终关怀

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  1. rosalind-problems:rosalind.info的生物信息学问题用Java解决-源码

  2. rosalind-problems:rosalind.info的生物信息学问题用Java解决

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  1. Bioinformatics_coursework-源码

  2. 生物信息学_课程 该文件包含了我在我的生物信息学课程中解决的一些问题的实现。

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-09
    • 文件大小：651kb
    • 提供者：weixin_42135462

  1. Rosalind:罗莎琳德的解答练习-源码

  2. 罗莎琳德 罗莎琳德（Rosalind）解决问题的练习。 Rosalind是一个通过解决问题来学习生物信息学和程序设计的平台。 如果您想练习，请访问 。

  3. 所属分类：其它

  1. Rhdf5lib：以R包形式分发HDF5库-源码

  2. Rhdf5lib 该R / Bioconductor软件包提供了一种通过R软件包安装HDF5系统库的机制。 当前状态 特拉维斯 生物碳 测试范围 接触 有关错误报告，请在Github上注册一个。 对于使用情况的查询，请在生物导体用Rhdf5lib标签发布问题。 资金 该软件包的持续开发和维护的资金由德国生物信息学基础设施网络提供

  3. 所属分类：其它

  1. neelsoumya：关于我（Soumya Banerjee）-源码

  2. 你好！ :waving_hand: 我叫Soumya Banerjee（名字发音为show-mo），我是一名研究员。 我分析复杂的问题，并实施新的统计和机器学习技术，以从大量数据中得出见解。 我曾在实验科学，临床，金融和医疗保健领域工作。 我曾在行业工作，并且在金融和抵押领域获得了域名认证。 :telescope: 我目前正在研究复杂的问题，并实施新的统计和机器学习技术，以从大量数据中得出见解 :seedling: 我致力于数据科学，机器学习，计算生物学，生物信息学，计算免疫学和临床

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-24
    • 文件大小：22kb
    • 提供者：weixin_42165973

  1. 生物信息学问题-源码

  2. 生物信息学问题

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-22
    • 文件大小：20kb
    • 提供者：weixin_42099814

  1. 罗莎琳德：罗莎琳德生物信息学问题-源码

  2. '''Rosalind解决方案'''

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-15
    • 文件大小：118kb
    • 提供者：weixin_42165018

  1. 生物信息学：处理遗传序列以从中获得相关信息的算法-源码

  2. 生物信息学（正在进行中） 该存储库是关于与生物信息学问题解决方案相关的脚本的。 每个脚本执行不同的功能，以便从基因组或生物学数据中分析和提取有价值的信息。 此处要考虑的问题分别来自加利福尼亚大学圣地亚哥分校的Coursera专业化课程和“生物信息学”和“生物学与程序设计：初学者的生物信息学”课程。

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  1. easyBioScripts：解决简单的生物信息学问题的脚本-源码

  2. easyBioscr ipts 解决简单的生物信息学问题的脚本 clustercount.py Get the clusters output from cdhit, choosing the clusters with a certain number of sequences and producing a fasta file for each cluster. Used to produce fasta files that will be aligned with the clu

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  1. 山核桃：预测生态系统分析仪（PEcAn）是一个集成的生态生物信息学工具箱-源码

  2. 我们的愿景 最佳可用数据和模型为生态系统科学，政策和管理提供了信息 我们的任务 开发和推广可访问的工具，用于可复制的生态系统建模和预测 什么是PEcAn？ 预测性生态系统分析仪（PEcAn）（请参阅 ）是一个集成的生态生物信息学工具箱（Dietze等，2013； LeBauer等，2013），它包括：1）科学的工作流程系统，用于管理大量的公众可用环境数据和2）贝叶斯数据同化系统，以在最新的生态系统模型中综合此信息。 这个项目的动机是，有关全球变化的许多最紧迫的问题并不一定受到收集新数据的需求以

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    • 发布日期：2021-02-05
    • 文件大小：58mb
    • 提供者：weixin_42171132

  1. 教学-IBioIC-生物信息学入门：IBioIC生物信息学入门培训课程的课程材料-源码

  2. JHI / IBioIC生物信息学概论 目录 介绍 欢迎使用JHI / IBioIC生物信息学入门课程的GitHub存储库。 本文档提供了先前演示的记录，以及即将进行的演示的时间表。 您可以通过点击下面按钮中的运行本课程的Jupyter笔记本内容。 我们还在下面的“ Setup部分中提供说明，以帮助您下​​载和设置供自己使用的课程资料，从而使技术问题降至最低。 时间表：2017年3月16日至17日，斯特拉斯克莱德大学MC407麦康斯大楼 3月16日，星期三，0930-1230 欢迎和介绍（

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-04
    • 文件大小：95mb
    • 提供者：weixin_42116701

  1. homebrew-bio：Homebrew软件包管理器的生物信息学公式（macOS和Linux）-源码

  2. Brewsci /生物 和软件包管理器的生物信息学公式。 如何安装公式？ brew tap brewsci/bio brew install FORMULA 要么 brew install brewsci/bio/FORMULA 故障排除 首先阅读。 使用brew gist-logs FORMULA创建并将链接发布到您的问题中。 搜索。 另请参阅Homebrew的和。 文献资料 brew help ， man brew或查看。 贡献 请参阅。

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-03
    • 文件大小：281kb
    • 提供者：weixin_42099176

  1. bioinfo_benchmarks：对生物信息学脚本编写很重要的语言基准-源码

  2. 一些可疑和务实的基准 此存储库包含用于评估要用于字符串密集型程序（生物信息学）的语言的代码。 基准测试并未试图找到解决文件中字段数量计数问题的最快方法，它们只是用来演示以下内容： 可脚本编写性-从stdin和分割行读取文本有多容易？ IO-语言处理IO的方式在本质上有些慢吗？ 字符串操作-用于执行字符串操作的内建函数是否高效，或者它们看起来很漂亮？ 轻量级类-我们可以便宜地创建一个类来保存数据吗？ 数组和字符串分配-编译器/解释器是否优化分配？ （尚未完成）C绑定-使用ac库有多容

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