1. 分子动力学模拟概论 1.1 分子动力学模拟的发展 1.2 分子动力学模拟的基本原理 1.3 分子动力学模拟相关软件 2. 分子动力学入门 2.1 基本设置 2.2 生成蛋白质结构文件（PSF） 2.3 蛋白质的溶质化 2.4 球状水体中泛素（Ubiquitin）的分子动力学模拟 2.5 立方水体中泛素（Ubiquitin）的分子动力学模拟 2.6 简单的结果分析 3. 分析方法 3.1 平衡态分子动力学模拟分析 3.1.1 每个残基的RMSD值 3.1.2 麦克斯韦-波尔兹曼（Maxwe

范围：CPU上可以识别的代码和数据。全部的代码总和。 要求：从定义开始的设计。完整性，彻底地定义从无开始的整个设计。这是因为软件之软，也是因为硬件平台的多样性和特殊性。 完整把握，从头设计是第一原则。因为软件世界自己并不能统一，还有继续分化的趋势。没有根本一致的基础可能是软件的本性。退回到一无所有是处理软件问题的根本。 在这样的视野下，操作系统只是一个部分，一个模块，不同的操作系统任你选择；语言的选择是运行环境的选择（每种语言有每种语言的运行时布局）；所谓框架只是“类库＋运行环境”的一种构造。

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利用黑窗口对集合的交，并，补，差等操作的实现