针对新型超分辨空间外差光谱技术特点，研究了其相位误差形成机理，采用连续可调单色光计算仪器各波长实际相位，用频率定标方式获取理论相位，在频谱域进行卷积从而剔除相位误差。利用光谱仪实测的连续光源、大气CO2吸收干涉图进行相位误差校正实验，结果表明，该算法能够达到很好的空间外差光谱仪相位误差修正效果。