工业显微镜，主要是应用在工业上，而工业上的应用主要就是观测材料、品质检测等。工业材料大部分是非透明的，比如金属、复合材料、电子半导体器件。而生物显微镜主要应用于生命科学领域，观测的主要是细胞、病菌、组织等等，绝大多数是透明物体。观察试样的透明与非透明也就决定了两种显微镜在结构上的最大不同：光路的不同。