Hamiltonian dynamics can be used to produce distant proposals for the Metropolis algorithm, thereby avoiding the slow exploration of the state space that results from the diffusive behaviour of simple random-walk proposals. Though originating in phy

分析宿主体内HIV表面蛋白的插入/缺失（插入/缺失）突变 该项目包含部分（不是全部）脚本，这些脚本用于生成我的硕士论文中呈现的结果。 就背景而言，gp120蛋白存在于HIV表面，负责使HIV进入并感染我们自己的身体细胞。 该管道用于获取约25,000个HIV基因序列，对其进行处理，使用MCMC /贝叶斯推理来重建进化历史（系统树），并对indel突变的速率进行建模（Hamiltonian Monte Carlo； RStan；分层建模）。