FPGA共有四种配置模式：从串模式（Slave Serial(＄566.8500)），主串模式（MasterSerial(＄566.8500)），从并模式（Slave Parallel/SelectMap）以及边界扫描模式（Boundary-Scan）。具体的配置模式由模式选择引脚M2﹑M1﹑M0决定。不同的配置模式所对应的M2﹑M1﹑M0，配置时钟的方向以及相应的数据位宽。