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  1. 16s分析模板

  2. 16s分析报告模板，很不多的报告，使用qiime得到的模板，感兴趣的可以看看

  3. 所属分类：其它

  1. Qiime脚本命令使用方法大全

  2. 本文档整合了Qiime软件包所含python脚本的使用方法

  3. 所属分类：Python

    • 发布日期：2016-01-15
    • 文件大小：970kb
    • 提供者：peterrjp

  1. q2-emperor-源码

  2. q2-皇帝 这是QIIME 2插件。有关QIIME 2的详细信息，请参见 。

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-20
    • 文件大小：246kb
    • 提供者：weixin_42121058

  1. tourmaline:使用QIIME 2和Snakemake进行扩增子序列处理的工作流程-源码

  2. 电气石 电气石是使用及其包装的软件包对Illumina序列数据进行的扩增子序列处理工作流程。 电气石使用工作流程管理系统管理命令，输入和输出。 为什么要使用电气石？ 电气石具有增强可用性和互操作性的若干功能： 可移植性。 除Docker容器外，对Linux和macOS的本机支持。 QIIME2。电气石的核心命令（包括软件包）都是QIIME 2的命令，QIIME 2是最流行的扩增子序列分析软件工具之一。 您可以在运行工作流程之前或同时打印工作流程的所有QIIME 2和其他Shell命令。

  3. 所属分类：其它

  1. MiSeqDualIndx：处理通过DUAL-INDEXING方法产生的ILLUMINA MISEQ结果的管道-源码

  2. MiSeqDualIndx 改进的DUAL-INDEXING方法处理ILLUMINA MISEQ结果的管道 该协议基于Fadrosh等人提到的管道。 （Microbiome，2014年），为github ，也由Alesei Korzshenkov在 。 在这种情况下，将双索引测序方法与在引物设计上使用异质性间隔子相结合，以提高读段的质量。 从1到4的步骤完成了流水线的第一阶段，在该阶段将对末端的读段进行连接，修整和清洗，并将条形码与读段分开。 在Qiime下执行进一步的步骤以完成最终多路分解

  3. 所属分类：其它

  1. q2-cutadapt-源码

  2. q2-cutadapt 这是QIIME 2插件。 有关QIIME 2的详细信息，请参见 。

  3. 所属分类：其它

  1. automate_16s：该项目的目标是使16s rRNA分析自动化，使其更易于访问-源码

  2. 自动化16秒 该项目的目标是致力于使16s rRNA分析过程自动化，从而可能使该过程更易于访问。 先决条件 基于Linux的系统 qiime 2 python3 安装 $ git clone https://github.com/lorentzben/automate_16s.git 克隆后，将创建一个名为automate_16s的文件夹。 里面将是： 自述文件 setup.py automate_16.py automate_single.sh automate_slurm_sub

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-10
    • 文件大小：37kb
    • 提供者：weixin_42097967

  1. snakemake-amplicon-metagenomics:使用Snakemake工作流程管理工具创建的命令行生物信息学工作流程-源码

  2. 扩增子元基因组工作流程 更新：2021年3月，不再支持管道，因为QIIME在2.0版本中可用，并且不再支持1.9。 概要 该工作流程描述了一系列执行步骤，这些步骤是从样品的扩增子测序结果中提取的原始fastq文件获取到OTU表的，描述了所分析样品的分类学确定摘要。 它使用Snakemake工作流管理系统在Linux命令行上执行。 工作流程 输入文件的质量控制 修剪输入文件 修剪文件的质量控制 加入前转和引荐序列 连接序列的质量控制 簇序列 选择代表性序列 检测并删除嵌合代表序列/簇 分类分类 创

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-27
    • 文件大小：10kb
    • 提供者：weixin_42133329