患者预处理 这是用于各种神经成像预处理操作（注册，切片，去噪，分割等）的MATLAB代码，其最初旨在处理常规临床数据（因此得名）[1]。 它以nifti文件（如.nii或.nii.gz）作为输入，并生成此数据的副本，并对其应用了所需的预处理步骤。 它还使用成对的标签遮罩（例如T1w MRI和肿瘤遮罩（或多个类别））处理图像数据，并确保生成的预处理数据是一致的。 请参阅下面的示例用例，这些用例可以独立运行，也可以启发更复杂的预处理任务。 依存关系 该算法要求以下软件包位于MATLAB路径上： S

bspm 这是我用来预处理和分析fMRI数据的代码，并且主要依赖于的例程。 bspm_某些函数是用于直接调用SPM函数的包装器（例如， bspm_checkreg大多数从spm_check_registration ），但是大多数函数旨在matlabbatch在SPM批处理系统中为各种模块构建matlabbatch结构的过程。 我认为我应该将其设为开源，因为，我相信开源，而且实际上，该存储库中的大部分内容都来自其他人的开源软件。 但是，由于这不是为公众编写的，因此我无法保证所有内容都可以在您

SPM12：SPM12

Ubuntu Docker文件 注意：自从我与一起使用以来，我不再对此进行维护。 最终结果是相同的，但是Ansible易于维护和调整您的口味。 该存储库包含用于NeuroImaging的的Dockerfile 。 它设置并安装： fsl-完整 空军情报局 VTK ITK和SimpleITK（有关此代码的评论，现在） DCM2NIIX 聚氯乙烯 蚂蚁 带有MCR的SPM12 Python和NiPy工具 Neurita /博伊尔和pypes 基础Docker映像 安装 安装 。 克隆

fMRwhy-使用SPM12和Matlab促进与BIDS兼容的fMRI分析 什么是fMRwhy ？ 这是一个基于Matlab和SPM12的工具箱，具有多种辅助功能和与BIDS兼容的工作流程，可协助您进行fMRI质量检查，预处理和分析过程。 借助fMRwhy您将了解如何计算有趣的质量指标，如何可视化结果，如何使用批处理脚本分析数据以及如何构建与BIDS兼容的分析管道，所有这些都可以实现灵活的自动化级别。 它不能帮助解释为什么问题，这些问题可以说是最重要的问题，这些问题必须在您的fMRI研究旅