使用GATK4进行变体调用管道的Snakemake工作流程以及使用Delly和Tiddit进行结构变体调用的Snakemake工作流程 这是一个使用GATK4进行变体调用管道的Snakemake工作流程，还包括一个对结构变体的故意和轻率的调用（将包括更多的结构变体工具）。 管道使用trimgalore和cutadapt来修剪适配器。 使用Bowtie2对齐读数。 然后执行GATK4管道：添加读取组，标记重复项，进行碱基重新校准，然后使用单倍型调用程序进行变体调用。 还使用去重复的读取来使用d