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  1. perl导入打分矩阵并对序列比对时进行打分

  2. 该代码是通过perl导入打分矩阵BLOSUM62对比对的序列进行打分,由于在网上没有看到用perl写过这个程序,自己就写了一个,程序并不复杂,第一次上传,求顶!
  3. 所属分类:.Net

    • 发布日期:2013-04-08
    • 文件大小:2kb
    • 提供者:clinuxyj
  1. 基因序列比对

  2. 通过编程实现课程中介绍的全局比对和局部比对的动态规划算法,并对“data.txt”中的2 条序列(每行代表1 条序列)进行测试,打分矩阵使用BLOSUM62 矩阵(BLOSUM62.txt)。
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2014-01-19
    • 文件大小:140kb
    • 提供者:shymi1991
  1. BLOSUM62文件

  2. POSSUM62文件--蛋白质序列打分矩阵文件。BLOSUM打分矩阵是一种在生物信息学中用于序列对比的氨基酸替换打分矩阵。BLOSUM 是“blocks substitution matrix”的缩写。它是目前常用的一种氨基酸替换打分矩阵。BLOSUM打分矩阵最早由 Steven Henikoff. 和 J.G Henikoff在他们的论文中被提出。其中,他们从BLOCKS数据库中对那些在高度保守序列中的蛋白质家族进行观察测量进而整理出了氨基酸替换的概率。他们继续使用对数胜算来计算矩阵中的分值。
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2020-05-22
    • 文件大小:2kb
    • 提供者:GUET_DM_LQ
  1. 生物信息学:任选一种编程语言,设计一个双序列全局比对的程序

  2. 任选一种编程语言,设计一个双序列全局比对的程序。要求: 1) 输入两条蛋白质序列,输出比对结果例如: Alignment Score: 12345 E E E E E K K K K K A A A A A F F F E E E E E – – – – – B B B B B F F F 2) 使用BLOSUM62矩阵来对序列中氨基酸符号的match和mismatch打分。 3) 使用动态规划的方法(Needleman-Wunsch算法)。 4) 计算空位(gap)的罚分时,使用仿射空位罚分策
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2020-12-21
    • 文件大小:41kb
    • 提供者:weixin_38589168
  1. 双序列比对的基础(2)之替换(计分)矩阵系列

  2. 双序列比对的基础(2)之替换(计分)矩阵系列   主要以BLOSUM矩阵与PAM矩阵的介绍为主。 声明:该部分书中内容介绍有点少,所以我上网搜索到几篇文献和和国外大学的相关课件(从一个研究生博主处获得)。 那本篇文章就先介绍BLOSUM矩阵吧   BLOck SUBstitution Matrix:BLOSUM矩阵。 详细的来说,它们来自一组蛋白质家族中联配上的无空位区域,这些蛋白家族源于BLOCKS数据库。1 BLOSUM62矩阵广泛应用于双序列比对,也是BLAST程序默认调用的计分矩阵。
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-01-07
    • 文件大小:106kb
    • 提供者:weixin_38638004
  1. 基于页面布局相似性的钓鱼网页发现方法

  2. 针对钓鱼网页与真实网页布局结构相似的特点,提出了基于页面布局相似性的钓鱼网页发现方法,该方法首先抽取出网页中带链接属性的标签作为特征,然后基于该特征提取网页标签序列分支来标识网页;接着通过网页标签序列树对齐算法将网页标签序列树的对齐转换成网页标签序列分支的对齐,使二维的树结构转换成一维的字符串结构,最后通过生物信息学 BLOSUM62编码的替换矩阵快速计算对齐分值,从而提高钓鱼网页的检测效果,仿真实验表明该方法可行,并具有较高的准确率和召回率。
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-01-14
    • 文件大小:713kb
    • 提供者:weixin_38692631