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搜索资源列表

  1. 用于对FASTA格式的蛋白序列进行理论酶切

  2. 利用生物质谱仪器进行蛋白鉴定和定量分析时，往往要获得一个蛋白的理论酶切肽段，该程序提供了一个对蛋白进行胰酶切的程序，规则（R、K切，RP、KP不切）。程序需要输入一个FASTA格式的蛋白序列文件（压缩包中是文件InternalStandards.fasta），输出文件可以自己设定，必须保证有输入和输出文件，程序才能运行。另外，程序还提供漏切次数和肽段长度选项

  3. 所属分类：专业指导

    • 发布日期：2009-12-30
    • 文件大小：3mb
    • 提供者：hailint

  1. 将cap3文件转换成fasta格式

  2. 在window DOS命令行下进入到文件所在目录 输入命令 java -jar cap32fasta.jar 如果运行出现内存不足的错误，则是由于要处理的文件太大引起的请 输入命令 java -jar -Xms128m -Xmx512m cap32fasta.jar

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2012-03-21
    • 文件大小：7kb
    • 提供者：years9

  1. 分割fasta文件的python脚本

  2. 文件脚本可将大的fasta文件中的序列，按照个数均分，分割成多个fasta文件，便于对各个小文件中的序列进行后续操作

  3. 所属分类：互联网

    • 发布日期：2018-08-21
    • 文件大小：2kb
    • 提供者：xilance

  1. 计算N50的python脚本

  2. 文件用于计算fasta文件中基因序列的N50、基因条数、最短最长的序列条数。将脚本文件拷贝至fasta文件目录下，使用方法：python cal_N50.py 跳出“Enter your fasta/fa name: ”后，输入你当前目录下的fasta文件名后回车即可

  3. 所属分类：Python

    • 发布日期：2018-08-23
    • 文件大小：885byte
    • 提供者：xilance

  1. fasta文件的切分算法——java实现

  2. 用于切分fasta文件，因为是按行读取，可以做到切分后每个子文件大小基本一致，并不会改变fasta文件的格式 也可以用于切分普通文件，主要注释掉判断 包不包含>那个if就可以了 如要切分fastq文件，可以先将fastq文件转化为fasta文件

  3. 所属分类：Java

    • 发布日期：2019-03-25
    • 文件大小：7kb
    • 提供者：minekirito00

  1. pyfaidx, 高效的Pythonic 随机访问fasta子序列.zip

  2. pyfaidx, 高效的Pythonic 随机访问fasta子序列 描述Samtools为indexed提供了一个函数"faidx"( FASTA索引)，它创建一个小平面索引文件，允许快速随机访问索引FASTA文件，同时加载文件中的最小文件数量。 这个 python MODU

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2019-09-18
    • 文件大小：103kb
    • 提供者：weixin_38743602

  1. 维基百科：FASTA格式

  2. 来自维基百科中文版本的FASTA文件格式介绍。由于维基百科被和谐了，特在此分享。

  3. 所属分类：医疗

    • 发布日期：2021-03-26
    • 文件大小：1mb
    • 提供者：devshilei

  1. susCovONT:通过ONT测序生成共识文件.fasta文件并识别穿山甲谱系和Sars-CoV-2基因组的下一个菌株的管道-源码

  2. 可持续发展 通过ONT测序生成共识文件.fasta文件并识别穿山甲谱系和Sars-CoV-2基因组的下一个菌株的管道。 该管道将​​名称为的文件夹作为输入，其中包含来自Sars-CoV-2 ONT测序的文件夹fast5_pass和fast5_pass以及fastq_pass sequencing_summary*.txt以及链接条形码和样品名称的CSV文件，并以及_report.csv ，其中包括， 和 。 安装 使用susCovONT/scr ipts/install.sh安装所有必要的工具和

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-19
    • 文件大小：28kb
    • 提供者：weixin_42171132

  1. BIMM143_Project3E:对于此项目，您将需要两个文件来运行代码-源码

  2. BIMM143_Project3E 对于此项目，您将需要两个文件来运行代码： 包含R脚本的Project_3E.rmd文件。 Isolated_genes.fasta文件包含原始基因16，并从pBAD和pSANG克隆中分离出来。 所有这些基因序列都是从我在实验室中进行的实验中分离出来的。使用PCR扩增基因构建体，并使其在载体系统中生长。然后用限制酶NcoI和NotI消化它们，然后连接到表达系统pBAD和pSANG中。分离表达载体并进行桑格测序。我使用.seq文件提取了序列，并使用txt edi

  3. 所属分类：其它

  1. analysys_of_biological_sequences:一个存放我的生物信息学学位课程单元“生物序列分析”文件的资源库-源码

  2. 这是什么？ 该存储库用于保存课程单元“生物序列分析”的所有作业。 作业1 编写一个小脚本来检索以下序列： ­Uses the Entrez API Allows the user to choose which database to query ­Allows the user to pass a search term ­Takes user input as command line arguments ­Uses the "history" API feature ­The res

  3. 所属分类：其它

  1. DupRemover:删除multifasta文件中的重复序列-源码

  2. “ DupRemover”-重复卸妆 删除multifasta文件中的重复序列。 DupRemover查找重复的序列并保留唯一的序列，同时将所有fasta标头连接到一个核苷酸或氨基酸multifasta文件中。 依存关系 生物蟒> = 1.78 安装biopython（如果尚未安装） pip3安装biopython或python3.6 -m pip安装biopython 用法 python3 DupRemover.py / path / to / input_file / path /

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-14
    • 文件大小：13kb
    • 提供者：weixin_42151036

  1. STRpipe:用于STR检测和创建带掩码的FASTA文件的自定义管道-源码

  2. STRpipe 用于STR检测和创建带掩码的FASTA文件的自定义管道

  3. 所属分类：其它

  1. ReAmBaP:从FASTA文件中删除模棱两可的碱基对-源码

  2. ReAmBaP-删除歧义碱基对 从FASTA文件中删除模棱两可的碱基对。 非常适合像Snippy这样的工具，这些工具不喜欢模棱两可的碱基对。 用法 python reambap.py [input] [output]

  3. 所属分类：其它

  1. spede-sampler:运行GMYC的R Shiny App对选定文件夹（由FastTree或RAxML生产）中的所有树文件进行分析。 记录每棵树的簇和实体的数量，并将其存储在表中。 用户可以下载此数据和/或结果图-源码

  2. 速度采样器（GMYC） 该R Shiny App是SPEDE-SAMPLER程序的最后部分，允许用户在通过对对齐的Fasta文件中的序列进行随机重采样而创建的多个系统发育树上运行GMYC分析。 要通过R运行此应用，请在控制台中输入以下内容： install.packages("shiny") # install the shiny package library(shiny) # load up the shiny library shiny::runGitHub("spede-sam

  3. 所属分类：其它

  1. adding_stats_to_mmcif:程序向mmCIF文件添加序列和数据收集统计信息以进行PDB沉积-源码

  2. add_stats_to_mmcif 将序列和定标数据添加到mmCIF文件中，以准备提交给wwPDB沉积系统。 典型用法 输入：Aimless XML文件，任何STAR / CIF / mmCIF文件，输出：更新的cifFile from adding_stats_to_mmcif import run_process aimless_xml_file = 'input.xml' fasta_sequence_file = 'sequence.fasta' input_mmcif = 'i

  3. 所属分类：其它

  1. seqkit:跨平台，超快速的工具包，用于在Golang中操纵FASTAQ文件-源码

  2. SeqKit-用于FASTA / Q文件操作的跨平台超快速工具包 文档： : （，，和） 源代码： : 最新版本： ： 介绍 FASTA和FASTQ是用于存储核苷酸和蛋白质序列的基本且普遍存在的格式。 FASTA / Q文件的常见操作包括转换，搜索，过滤，重复数据删除，拆分，混排和采样。 现有工具仅实现了其中一些操作，而没有特别有效地实现，而某些工具仅可用于某些操作系统。 此外，所需软件包和运行环境的复杂安装过程会使这些程序的用户友好性降低。 该项目描述了用于FASTA / Q处理的跨

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-07
    • 文件大小：28mb
    • 提供者：weixin_42119281

  1. 变量重新映射：用于在两个任意FASTA程序集之间重新映射VCF变量的管道-源码

  2. 变量重映射 用于以FASTA格式在两个任意程序集之间重新映射VCF变量的管道。 不需要链文件。 方法：从每个变体的侧翼序列创建读段，然后使用bowtie2将它们映射到新的程序集。 目前，它仅是SNP和短indel，但尚未通过更大或更复杂的变体进行测试。 先决条件 要运行此管道，您将需要安装和配置 。 管道使用需要在本地下载和安装的其他软件。 您可以手动获取它们，也可以使用 。 使用conda安装 git clone https://github.com/EBIvariation/varian

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-25
    • 文件大小：29kb
    • 提供者：weixin_42117032

  1. FNA：处理FNA文件的某些功能（Fasta和Newick）-源码

  2. FNA：处理FNA文件的某些功能（Fasta和Newick）

  3. 所属分类：其它

  1. FindTelomeres：用于在FASTA文件中查找端粒重复序列（TTAGGGCCCTAA）的python脚本-源码

  2. 这个脚本做什么？ 这是用于在FASTA文件中查找端粒重复序列（TTAGGG / CCCTAA）的工具。 该脚本不做什么？ 它只会在序列的开头和结尾寻找端粒。 它仅查找TTAGGG / CCCTAA重复序列的变体。 它是如何做到的？ 它以FASTA文件作为输入，并逐一遍历其中的序列。 在每个序列的开头和结尾，它都会忽略N（未知碱基）。 对于每个序列，它将查看前（最后）50个核苷酸，并评估端粒重复覆盖了该序列的多少。 这是故意灵活的，以允许测序错误和端粒基序的序列/长度变化。 更具体地说，如

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-18
    • 文件大小：34kb
    • 提供者：weixin_42128963

  1. csproj：使用C＃制作的自定义DNA序列搜索套件，用于.FASTA文件-源码

  2. csproj：使用C＃制作的自定义DNA序列搜索套件，用于.FASTA文件

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-12
    • 文件大小：17kb
    • 提供者：weixin_42166261
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