MDNetwork工具 MDNetworkTools是一个多合一的python程序包，可直接从分子动力学轨迹构建网络。 此外，该软件还提供了用于网络分析（社区检测和次优路径计算）以及可视化的功能。 MDNetworkTools的核心是利用多个Python模块。 轨迹和拓扑处理由MDTraj完成，而网络生成算法通过Numba软件包采用jit编译方法。 目前，只有网络生成方法才能受益于Numba的提速，尽管将来的版本可能会将其扩展到网络分析算法。 请参阅必需的软件包以获取必需软件的完整列表。 必需的