LabWindow sCVI 扫盲技巧贴

scvi-tools-skeleton 用于使用创建新颖模型的骨架存储库。 有关使用此框架的问题，请使用scvi-tools。

指南 用于scvi教程中使用的笔记本的回购。 参见 Master分支是稳定的，dev是用于教程更新的。

烧瓶 一个合适的Flask应用程序可以在 该应用程序采用经过预训练的scvi模型和带有以X_开头的scanpy约定存储的嵌入形式的相应andata，例如， anndata.obsm['X_tsne'], anndata.obsm['X_umap'] 。 为了在使应用程序易于测试和部署的同时避免将数据存储在git上，将经过训练的模型和adata上传到发布页面，并可以使用wget -nc进行重试（以避免多次下载）。 或解压缩然后删除下载的文件： 下面的两行将下载taylor模型，并将文件夹重命名

（单细胞变体推断工具）是在和基础上构建的用于单细胞组学数据概率模型的软件包。 单细胞组学模型的可用实现 scvi-tools包含几种模型的可伸缩实现，这些模型可促进许多组学中的大量任务，包括： 用于单细胞RNA数据分析的及其改进的差异表达 。 用于使用半标记示例对scRNA-seq数据进行细胞注释。 用于分析CITE-seq数据的 。 用于从scRNA-seq数据推断空间转录组学中的缺失基因。 用于评估scRNA-seq数据中零充气的基因特异性水平。 用于的可解释线性因子模型版本。 用于