开发工具:
文件大小: 2mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-10
详细说明：这是bjorn的代码库， bjorn是一套工具，可用于为SARS-CoV-2序列的大规模基因组监测生成信息。 bjorn严重依赖于诸如datafunk ， minimap2和pandas类的外部工具。
安装
安装Anaconda：
创建比bjorn环境
conda env create -f envs/macos.yml -n bjorn
激活环境
conda activate bjorn
安装datafunk：
用法
激活比bjorn环境
conda activate bjorn
打开config.json以指定您的参数，然后保存文件
注意：默认情况下，配置将运行测试。 经过测试后，请确保在config.json中将is_test值更改为false
运行count_variants以生成突变信息
python count_variants.py
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
下载文件列表
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