开发工具:
文件大小: 26mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-09
详细说明：hapROH
使用参考单倍型从古代和现代DNA调用ROH的软件。 作者：Harald Ringbauer，2020年9月根据GNU通用公共许可证v3.0发布的代码
python软件包hapROH背后的开发代码。 有关当前版本和安装的详细信息，请参见 。
这是用于开发的git存储库，以及hapROH出版物中使用的代码（预印本，为 ）
该代码是实验性的，旨在在芝加哥大学中途集群上运行。
hapROH软件包的代码可以在./package/找到
我不在这里共享数据，因此这些笔记本中的大多数代码将无法运行。 出于透明原因共享代码。 如果您需要一些数据，请随时直接与我联系。
有关文件夹结构的内部说明：
数据准备：
对于1240k参考数据：有一个笔记本prepare_1000genomes.ipynb ：它将1000个基因组下载到本地计算机，并准备下采样和干净的1240k数据（子采样到双等位基
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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