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通过整合ChIP-seq和RNA-seq数据揭示跨细胞系的转录因子和组蛋白修饰共定位和动态
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上传时间: 2021-03-07
详细说明：背景：转录因子（TFs）和组蛋白修饰（HMs）之间的相互作用在基因表达的精确调控中起着重要作用。 这些相互作用的背景特异性以及其在正常和疾病中的动态还很大程度上未知。 基因组学技术的最新发展实现了通过RNA-seq进行转录谱分析和通过ChIP-seq进行蛋白质结合谱分析。 对这两种类型数据的综合分析使我们能够从基因组共定位和下游靶基因表达中研究TF和HM的相互作用。结果：我们提出了一条整合管道，以探索55个TF和11个HM的共定位。 ENCODE提供的相匹配的ChIP-seq和RNA-seq数据可在人GM12878和K562中获得其动态。 基于它们在转录起始位点（TSS）周围的结合富集，我们将TF和HMs分为三种类型。 然后提出了一组统计指标来表征TF-TF和TF-HM的共定位。 我们发现Rad21，SMC3和CTCF共定位在五个细胞系中。 GM12878中的高分辨率Hi-C数据显示，它们将大多数Hi-C峰基因座与特定的CTCF图案“锚”相关联，并支持CTCF，SMC3和RAD2的共定位在3D染色质结构中起重要作用。 同时，GM12878和K562之间有17个TF-TF对是高度动态的。
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