文件名称:
SCALE:通过潜在特征提取的单细胞ATAC-seq分析-源码
开发工具:
文件大小: 28kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-06
详细说明：通过潜在特征提取进行单细胞ATAC序列分析
消息
2021.01.14更新为与文件和兼容
安装
SCALE神经网络在框架中实现。 如果可用，建议在CUDA上运行SCALE。
从GitHub安装
git clone git://github.com/jsxlei/SCALE.git
cd SCALE
python setup.py install
安装仅需几分钟。
快速开始
输入
h5ad文件
计数矩阵文件： 行是峰，列是条形码，格式为txt / tsv （sep = “ \ t” ）或csv （sep = “，” ）
mtx文件夹包含三个文件：
计数文件：以mtx格式计数，文件名包含关键字“计数” / “矩阵”
峰文件：峰1列chr_start_end ，文件名包含关键字“ peak”
条形码文件：条形码的1列，文件名包含关键字“条形码”
跑
SCALE.py -d [input]
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
下载文件列表
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