文件名称:
lrgasp-simulation-源码
开发工具:
文件大小: 469mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-05
详细说明：用于模拟RNA测序数据的管道
关于管道
该管道旨在根据提供的参考数据和表达谱模拟包括PacBio，Oxford Nanopore和Illumina读数在内的RNA测序数据集。 基本上，它是几个模拟工具的包装：
管道包括3个主要步骤：
准备参考数据，包括插入人工新型同工型。 通过将任何哺乳动物参考转录本定位到您的基因组（人类或小鼠）上并用处理，这些“新”同工型。
量化转录本丰度，这需要任何真实的长期阅读RNA数据集。
生成模拟读物和补充信息，这些信息仅对评估人员可用。
要求
python3
生物蟒
gffutils
pysam
htseq
麻木
科学的
（包括C ++，R，perl）
小地图2
准备参考数据
为了准备用于仿真的参考数据，您将需要获取FASTA格式的参考基因组和参考转录本，以及GFF / GTF格式的基因注释。 此外，您将需要对来自您选择的任何生物（例如大鼠）的
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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