文件名称:
sitega：使用遗传算法通过判别分析选择一组局部定位的二核苷酸的新的基序识别工具，用于ChIP-seq数据分析-源码
开发工具:
文件大小: 20mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-03
详细说明：SiteGA-结合位点的遗传算法识别。
描述
当前的SiteGA版本（Levitsky等人，正在准备中）代表了的算法 在ChIP-seq数据集中用于从头进行基序搜索。 SiteGA是一种随机算法，可在输入序列中搜索相互依赖的局部定位的二核苷酸（LPD）的模式，该模式可模拟转录因子结合位点内核苷酸环境的近距离和远距离吸引。 因此，SiteGA方法与传统的位置权重矩阵（PWM）完全不同，传统的位置权重矩阵（PWM）根据来自各个位点位置的核苷酸频率的累加影响来搜索最保守的基序。
要求
SiteGA源代码是用C ++语言编写的。 因此，要从源代码编译可执行文件，您需要：
在Linux系统中，C ++编译器，例如编译器
在Windiws系统中，任何VC ++软件包，例如
源代码
文件夹包含带有SiteGA源代码的文件，它们遵循以下单独的管道模块。
1.准备
准备执行bootsrap交叉验证测试（通
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
下载文件列表
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