文件名称:
MetagenomeProcessing：测序后对元基因组进行组装，注释和分类的管道-源码
开发工具:
文件大小: 12kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-03
详细说明：处理元基因组测序读
测序过程后用于宏基因组读取的组装，注释和分类分类的管道。
指数
质量控制使用fastqc ，适配器调整使用cutadapt 。
使用MEGAHIT组装读数。
使用PROKKA进行基因预测和注释。
使用DIAMOND和eggNOG数据库的附加功能注释。
宏基因组读段的分类学分类。
初始文件
基本上，我们将从测序过程产生的最终读取文件开始。 我们将假设来自配对分析的每个元基因组都有两个文件：
R1.fastq.gz
R2.fastq.gz
依存关系
FastQC v0.11.8
cutadapt v2.3
MEGAHIT v1.1.3
宝卡v1.14.5
钻石v0.9.22.123
eggNOG-mapper v2和eggNOG数据库v5.0
KRAKEN2 v2.0.8
MaxBin v2.2.6
第1步：质量控制和修整
为了进行质量控制，我们将
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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