文件名称:
sctools：整天在scanpy中工作时会派上用场的工具-源码
开发工具:
文件大小: 347kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-28
详细说明：自述文件
sctools是一组方便的功能，用于处理scanpy中的scRNAseq数据。
管道
用于对scanpys AnnData对象中包含的scRNAseq数据进行相当标准的处理的函数。 这些功能实质上将原始计数数据转换为归一化，聚类和降维的数据。
from sctools . pipeline import standard_processing
adata = standard_processing ( adata )
sc . pl . umap ( adata , color = [ 'leiden' , 'doublet_score' ])
# differnetially expressed genes between clusters
sc . pl . rank_genes_groups ( adata )
差异表达
scanpy_DE_to_dataframe_fa
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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