文件名称:
dropSplit：dropSplit用于从基于液滴的scRNAseq数据中识别真正的细胞-源码
开发工具:
文件大小: 19kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-28
详细说明：dropSplit
dropSplit旨在从基于液滴的scRNAseq数据中识别出真正的细胞。 它包括三个部分：
质量控制
模型构建和液滴分类
总结特征
dropSplit提供了一些特殊的QC指标，例如CellEntropy或CellGini，它们可以帮助识别。
通常，用户可以在XGBoost中使用预定义的参数，并获得有助于细胞识别的重要功能。 它还提供了自动XGBoost超参数调整功能来优化模型。
安装
# install.packages("remotes")
remotes::install_github("zh542370159/dropSplit")
例子
library(dropSplit)
counts <- DropletUtils:::simCounts()
colnames(counts) <- paste0("Cell-", 1:ncol(counts))
re
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