文件名称:
snpsettest：使用GWAS摘要统计信息的基于集合的关联测试-源码
开发工具:
文件大小: 832kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-27
详细说明：snpsettest
snpsettest的目标是提供使用GWAS摘要统计信息执行基于集合的关联测试（例如，基于基因的关联测试）的简单工具。 该软件包目前正在开发中。
在snpsettest包A基于集合的关联检验是基于描述的统计测试 （VE rsatile克烯基于ssociation小号tudy），它结合了一组SNP占标志之间的连锁不平衡的效应。 与原始的VEGAS实现相比，此软件包使用了一种更有效的方法来计算集级别的p值，从而显着减少了计算时间。
安装
要安装此软件包，
devtools :: install_github( " HimesGroup/snpsettest " )
入门
这是一个基本示例，向您展示如何使用GWAS摘要统计信息执行基于基因的关联测试，在该统计信息中，SNP集由基因定义。
GWAS摘要文件
snpsettest软件包需要SNP级别的p值来执行基于基因的关
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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