文件名称:
rna-seq-vae：使用变分自动编码器生成合成基因表达数据-源码
开发工具:
文件大小: 1mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-26
详细说明：GTEx数据集（V8）的条件变量自动编码器
该项目旨在使用生成模型生成合成基因表达数据。 我们首先研究数据的3D表示形式以及可能要依据的变量，以便有效地分离分布。 当前模型以组织为条件。
组织着色的GTEx数据集（1000个随机基因）的3D表示形式（UMAP，TSNE，PCA）：
CVAE当前的重建质量，取决于组织。
基于：
对VAE方差损失论文： ， ，
项目进度：
基准模型创建
评估潜在空间中的均值，绝对差和分组的函数
模型调整
潜在空间大小
批次大小，学习率（应尽早确定时期数）
附加致密层的数量，每个附加层中神经元的数量
有条件的VAE模型（条件之一：组织或年龄）
b-VAE模型（损失函数中的MSE / KL散度权重）
相关的VAE（ ）
torch_model.py神经网络的层和属性
gtex_loder.py加载基因表达数据集
torch_train
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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