文件名称:
StationaryOT：通过最佳传输从单单元快照动态推断-源码
开发工具:
文件大小: 5mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-25
详细说明：StationaryOT：通过最佳传输从单单元快照动态推断
简介与概述
熵正则化的最优输运已经被用来推断时程数据中的细胞轨迹[1]。 静态最优运输（OT）将这种方法扩展到处于平衡状态的生物系统快照。 如果您希望每个快照中的人口比例相同，则系统处于平衡状态，尽管单个单元沿轨迹前进。
我们通过扩散-漂移过程对由于细胞的生死而分支的生物过程进行建模。 为了保持平衡，我们定义了源区和汇区，其中在源区中创建了细胞，并吸收了受出生率和死亡率影响的汇区。 在种群水平上，增长，进入和退出的影响可以通过空间相关的通量R（x）来捕获，而种群动态可以通过种群平衡偏微分方程来描述：
在哪里 根据我们的均衡假设。
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