文件名称:
DADA2_diatoms_pipeline：用于rbcL硅藻的DADA2自定义管道-源码
开发工具:
文件大小: 240kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-25
详细说明：用于rbcL硅藻的DADA2管道
描述
这是一个自定义脚本，用于处理从官方上发布的工作流程直接修改的Illumina MiSeq HTS数据。 该脚本进行了一些修改以满足特定需求，并且已被证明可用于rbcL的硅藻元条形码。 分类分配步骤是使用Diat.barcode（Rimet et al.2018）完成的，Diat.barcode是硅藻的专业策划条形码库。
依存关系
管道需要安装一些软件包。
来自Bioconductor的ShortRead和dada2 ：
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("ShortRead")
BiocManager::install("dada2")
来自CRAN的ggplot2
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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