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文件大小: 9kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-25
详细说明：建模Indel
该项目包含部分（并非全部）脚本，这些脚本用于构建HIV-1基因突变的自定义经验模型。 为此，我编写了一个自定义的马尔可夫链蒙特卡洛采样器，用于采样所选参数值的后验分布。 我们需要一个定制的MCMC采样器，以便将遗传序列重建步骤整合到采样器本身中。 本质上，此代码旨在模拟特定生成模型下在患者来源的HIV-1序列数据中观察到的特定突变（插入和删除）。 在当前状态下，它能够将这些插入/删除突变重构到中等/高准确度。
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