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文件大小: 1mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-24
详细说明：HPVChimera_Gb
HPVChimera_Gb
该脚本旨在检查推定的人乳头瘤病毒（HPV）核苷酸序列是否存在嵌合体。 脚本要求：a）具有contigs序列的Fasta文件b）HPVdatabase c）核苷酸-核苷酸BLAST 2.10.1+您会找到数据库所需的所有文件（2020年11月17日更新），但是，您可以自己创建它使用以下命令：makeblastdb -in HPV_COMPLETE_GENOMES.fasta -parse_seqids -blastdb_version 5 -title“ HPVcomplete” -dbtype nucl
该脚本需要三个参数作为输入。 1.包含contigs序列的Fasta文件（完整路径）2.工作区文件夹（完整路径）3. HPVdatabase（HPV_COMPLETE_GENOMES.fasta）（完整路径）示例
./HPVCh
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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