文件名称:
snipgenie：用于微生物变异调用的命令行和桌面工具-源码
开发工具:
文件大小: 39mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-24
详细说明：尼古丁
SNiPgenie是用于从原始读取数据进行微生物变异调用和系统发育分析的工具。 它最初被编写为与牛分枝杆菌的细菌分离物一起使用，但可以应用于其他物种。 您需要高质量的参考基因组来进行比对。 鼓励对使用该软件感兴趣的任何人提出有关改进或添加功能的建议。
该软件是用Python编写的。 它是在Ubuntu linux上开发的，但设计为也可以在具有独立应用程序的Windows 10上运行。 GUI是使用PtSide2使用Qt工具包制作的。
当前功能
加载多个fastq文件并一起处理
查看fastq质量统计
修剪读取
对齐参考
查看bam路线
呼叫变体
过滤器变体
创建SNP核心多序列比对
创建系统树
安装
Windows用户注意：带有独立安装程序的GUI不久将可用。
pip install -e git+https://github.com/dmnfarrell/snipgenie
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
下载文件列表
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