文件名称:
bulk-rnaseq：使用kallisto和DESeq2处理大量RNASeq样品的工作流程-源码
开发工具:
文件大小: 9kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-24
详细说明：批量处理
简单的工作流程即可量化基因水平的RNA丰度并检测大量RNAseq样品中的差异表达基因（DEG）。 管道使用kallisto量化笔录级别的丰度，并使用DESeq2标准化计数和检测DEG。
安装
安装Anaconda或Miniconda，然后conda install snakemake
从下载适当的kallisto参考或自行构建
克隆存储库
在samples.csv描述您的samples.csv
修改config.yaml的设置
（可选）如果计划使用SLURM集群，请在run_pipeline.sh填写#SBATCH指令，并在cluster.json填写out和account字段
（可选）如果要在Singularity环境中运行管道以实现完全可重复性，请安装Singularity。 run_pipeline假定已安装奇点。 如果要使用奇点环境跳过，请删除--use-singul
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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