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文件大小: 162kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-24
详细说明：用于基因组比较分析的R脚本的集合
KM_reconstruction.R包含两个函数，这些函数允许通过KEGG API包恢复所有KEGG模块（KM）的图，并从带注释的KEGG Orthology（KO）表中重建KM完整性。
KMdiagram_fetcher允许检索图并将它们作为列表存储在RData对象中。 它使用并行化来加快获取过程，但不会超过6-7个实例，因为KEGG API中的瓶颈可能会导致错误。
KMreco使用检索到的图列表作为掩码，以给定带注释的KO表来评估每个KM的完整性。 输入表是一个存在/不存在表（即0和1），并且具有作为行的样本和作为列的带注释的KO。 进一步的参数是“ len_breaks”和“ allowed_gaps”，它们可用于指定允许的KM允许的间隙量，该KM仍取决于其长度来完全调用此类KM：len_breaks = c（3，10），allowed_gap
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