文件名称:
mycosnp-bwa-reference：此工作流程使用BWA为MycoSNP工作流程准备参考索引-源码
开发工具:
文件大小: 26kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-23
详细说明：MycoSNP GeneFlow工作流程：BWA参考
概述
MycoSNP包括以下三个GeneFlow工作流程集：
MycoSNP BWA参考：通过屏蔽参考中的重复并生成BWA索引，为BWA对齐和GATK变体调用准备参考FASTA文件。
MycoSNP BWA预处理：通过将样本与BWA参考索引对齐并确保正确格式化BAM文件，为GATK变体调用准备样本（配对末端FASTQ文件）。
MycoSNP GATK变体：调用变体并生成一个多FASTA文件。
该存储库包含MycoSNP BWA参考工作流程，该工作流程包含三个步骤：
使用MUMmer 3.23和BEDTools 2.29.2在参考FASTA文件中重复掩码。
分别使用SAMTools 1.10和Picard 2.22.9创建FASTA索引（.fai）和字典（.dict）。
使用BWA 0.7.17创建BWA索引。
要求
要运行
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