文件名称:
EDM设置：ExomeDepthMod-源码
开发工具:
文件大小: 7mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-22
详细说明：**** 正在开发中 *****
背景
是从外显子组测序数据中检测拷贝数变异（CNV）的最灵敏工具之一。 ExomeDepth是一个R包，在R / ExomeDepth中处理大型数据集是一个挑战。 为了解决此问题，EDM实现了ExomeDepth管道，并内置了两个主要更改。首先，EDM使用mosdepth计算外显子的覆盖率，并出于性能原因对算法进行近似选择参考面板。 EDM使用并行运行管道（计数读取和变量调用）。
步骤1：设定环境
EDM取决于包括R软件包在内的几种软件工具。 我们使用conda环境来管理依赖项。 您可以使用此处提供的edm_environment.yml文件创建具有所有依赖项的conda环境。 如果您想为您的环境使用其他名称，请编辑yml文件。
git clone https://github.com/drramki-chop/EDM.git
conda env cre
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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