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文件大小: 4mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-20
详细说明：ATAC-Seq-管道
要求
此项目需要R版本> = 4.0.0。 使用initialization.sh脚本将正确的R版本自动安装在新的conda环境（ATAC）中。 initialize.sh脚本包括自动安装，可防止与R中的程序包依赖项发生冲突。如果您希望设置自己的环境，则必须修改initialize.sh并为“ Biostrings”，“ BCRANK”和“ seqinr”。
该GitHub管道包括一个可选分支，用于基于轨道的染色质可访问性可视化。 要使用此命令，您将必须在由initialize.sh创建的“ ATAC”环境中安装以下依赖项：
Python> = 3.6
numpy的> = 1.8.0
scipy> = 0.17.0
py2bit> = 0.1.0
pyBigWig> = 0.3.4
pysam> = 0.8
matplotlib> = 3.1.1
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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