文件名称:
阈值_QuPath_Extension-源码
开发工具:
文件大小: 23kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-18
详细说明：阈值_QuPath_Extension
目的
对函数predict_phenotypes.R中的多重免疫组化标记强度实现SPIAT阈值方法
如何使用
在选项表上，选择要应用阈值的标记。
基线标记是肿瘤细胞中不存在的标记。 例如，CD45，CD3，CD8等在肿瘤细胞中不表达。 因此，我们将选择它们作为基线标记。
选择表达标记的位置。 例如。 细胞，细胞质，膜等。选择肿瘤标志物。
按运行查看结果
在结果选择框中选择标记将在图像上突出显示对该标记呈阳性的单元格。
您可以保存和应用分类器，还可以将显示的统计信息另存为csv文件。
参考
SPIAT： ：//www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.28.122614v1
潜在错误：
当只考虑较小的ROI时，有时它找不到阈值，并且会引发错误。 如果遇到此错误，请尝试增加ROI。 如果这不起作用，请取消
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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