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SigProfilerExtractor:SigProfilerExtractor允许从矩阵格式生成的数据中重新提取突变签名。 该工具可识别有效突变特征码的数量,每个样品中它们的活性,以及每个特征码在癌症样品中引起特定突变类型的概率。
开发工具:
文件大小: 5mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-18
详细说明:SigProfilerExtractor
SigProfilerExtractor允许从矩阵格式生成的数据中重新提取突变特征。 该工具可识别有效突变特征码的数量,每个样品中它们的活性,以及每个特征码在癌症样品中引起特定突变类型的概率。 该工具利用了SigProfilerMatrixGenerator和SigProfilerPlotting。
目录
安装
在命令行中,请运行以下命令:
$ pip install SigProfilerExtractor
如下从命令行/终端安装所需的参考基因组(可用的参考基因组为:GRCh37,GRCh38,mm9和mm10):
$ python
from SigProfilerMatrixGenerator import install as genInstall
genInstall . install ( 'GRCh37' )
这将安装人类
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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