文件名称:
kf-rnaseq-workflow：适用于Kids-First DRC的RNA-Seq工作流程-源码
开发工具:
文件大小: 586kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-18
详细说明：Kids First RNA-Seq工作流程
这是Kids First RNA-Seq管道，其中包括融合和表达检测。
介绍
如果有必要，该管道利用cutadapt修剪原始读取的适配器，并将读取的数据传递给STAR进行对齐。 RSEM将比对输出用于基因表达丰度估计。 此外，Kallisto用于定量，但使用伪比对从原始数据估算基因丰度。 使用STAR对齐输出上的Arriba和STAR-Fusion检测工具执行融合调用。 融合调用的过滤和优先级由annoFuse完成。 工作流程的指标由RNA-SeQC生成。
如果您想使用cavatica公共应用程序运行此工作流程，请在找到有关运行公共应用程序的基本入门。 另外，如果您想使用cwltool在本地运行，可以在找到其基础入门，并与以下自述文件中与应用程序特定的信息结合使用。 此工作流程是当前的生产工作流程，等效于此。
Cutadapt
如果需要，可
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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