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文件大小: 1mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-16
详细说明：此文件夹包含HPC NYU Langone Bigpurple（SLURM）的Shell和R脚本
项目：ECHO_EWAS甲基化数据
此处的脚本适用于目标亚硫酸氢盐测序（Methyl-Seq），这是下一代测序技术，用于通过在测序之前用亚硫酸氢钠处理DNA来提供甲基化C的单碱基拆分状态。
分析工作流程
质量控制分析：FASTQC
比对：DRAGEN甲基化管道3.2.8执行比对，甲基调用，并基于BisMark计算比对和甲基化指标
注释和差异甲基化分析：MethylKit（hg38）（请参阅Methylkit.r）
鉴定差异甲基化的基因座/区域（请参阅Methylkit.r）
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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