文件名称:
proteomicsTumorDeconv：一套用于评估指标以比较基于蛋白质的肿瘤反卷积算法功效的科学工作流程-源码
开发工具:
文件大小: 5mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-16
详细说明：蛋白质组学肿瘤反卷积指标
一套用于评估指标的科学工作流程，以比较基于蛋白质的肿瘤反卷积算法的功效。 该项目的目标是标准化各种肿瘤反卷积数据集的分析和比较，以比较它们与不同参数的功效。
跑步
该存储库包含比较肿瘤解卷积算法所需的所有工具。 到目前为止，我们专注于比较蛋白质组学与mRNA的测量，并通过Spearman Rank统计量来评估它们之间的相关性。 要评估并查看结果，您可以：
cd perfEval
cwltool scatter-test.cwl scatter-test.yml
这将在我们的测试YAML文件中运行评估。 要更新参数，请创建自己的YAML文件。 该算法当前具有五个参数：
mrna-算法：用于反卷积mRNA数据的算法列表。 epic ， xcell ， cibersort ， mcpcounter 。
prot算法：用于对蛋白质数据进行反卷积的算法列表。 epi
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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