文件名称:
PopPIPE：人口分析PIPEline:hammer_and_wrench::dna:-源码
开发工具:
文件大小: 144kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-16
详细说明：PopPIPE：人口分析PIPEline :hammer_and_wrench: :dna:
结果的下游分析。
管道描述
管道包括以下步骤：
将文件拆分为菌株。
使用计算每个应变内的核心和附件距离。
使用核心距离和来创建邻居加入树。
（lineage_clust模式）使用PopPUNK中的世袭群集从核心距离生成群集。
使用生成应变内比对。
使用使用此比对并以NJ树为起点来生成ML系统发育。
使用生成子群，这些子群是系统发育的分区。
与PopPUNK中一样，创建具有核心和附件距离的整体可视化。 最终的树包括通过将子类的最大似然树嫁接到其匹配节点来细化NJ树。
管道DAG示例
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
下载文件列表
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